یکپارچگی در حوضههای آب، مستلزم مدیریت سازمان یافته و تنظیم مجموعهای از فعالیتها بر پایه شناخت قابلیت و توانائیهای درونی طبیعی و مصنوع فضاهای روستایی و نیز بهره برداری بهینه از ظرفیت ها و امکانات عمل کننده بیرونی (سیاست ها و اهرمهای اجرایی) و ایجاد ارتباط متقابل و تعادل عملکردی بین آنها است. مدیریت یکپارچه آب می تواند به عنوان یک پیش شرط لازم برای مدیریت پایدار و بهبود سبک زندگی و معیشت مردم محلی موردتوجه قرار گیرد.
منابع آب بدون توجه به اثرات بلند مدت برنامهریزی و تحلیل همزمان ویژگی های هیدرولوژیکی، اقتصادی، اجتماعی و زیست-محیطی موثر بر آن در یک چارچوب واحد می تواند منجر به هزینه های بسیار زیادی در این عرصه ها در سطح حوضه شود.
مدیریت منابع آب به نحوی پایدار احتیاج به برآوردهایی از مصرف سرانه آب و درک خوبی از عوامل موثر بر میزان مصرف دارد و منابع آب ناهماهنگ با تقاضاهای بخش های مختلف ممکن است منجر به تعارضات اجتماعی اقتصادی و سیاسی گردد تغییرات آب و هوایی و حوادث طبیعی مربوط به آب مانند سیل و خشکسالی از چالش ها و مشکلات جدی محیطی و بیرونی پیش روی مدیریت پایدار منابع آبی هستند
هدف از مدیریت یکپارچه منابع آب ایجاد سیستمی است که بتواند ارتباط متقابل بین مدیریت منابع آب با محیط زیست توسعه اجتماعی و اقتصادی برقرار نموده و با مشارکت بخش های مختلف تصمیم گیری های مناسب در خصوص تخصیص و توسعه منابع آب ارائه دهد.
سیستم های آبی اهمیت حیاتی برای انسان دارد و فواید بسیاری را برای جامعه در قالب منابع و سرویس های آبی فراهم می کند. برای مدتی طولانی سیاست گذاری آب در پاسخ به تقاضای روزافزون و موجودیت منابع محدود، در بسیاری از مناطق دنیا با سرعت زیادی توسعه پیدا کرده است. بنابراین بسیاری از کشورها در کل دنیا با چالش های مهمی در مدیریت منابع آب به دلایل صنعتی شدن، توسعه شهرنشینی و اثر تغییر اقلیم روبرو شده اند. که دسترسی به منابع آب در سراسر جهان را با نارضایتی و کشمکش در بین گروه های مختلف اجتماعی همراه کرده است. بعضی از این عوامل کشمکش در زمان های مختلف، باعث ایجاد اختلاف می شوند. لذا ضروری است که دولت ها به دنبال الگوی نوینی در جهت تعامل و مشارکت سازنده با نهادهای مدنی و بخش خصوصی در جهت رشد اقتصادی باشند که تدارکات موفقیت آمیز این نهادها اغلب به عنوان حکمرانی خوب یاد می شود
حکمرانی می تواند ساختارهای مختلف داشته باشد، از طرفی دیگر باید به عنوان یک قاعده پذیرفت که تمامی منابع آب، تحت تاثیر فشارهای زاینده ای از ذی نفعان نیروها و عوامل قرار دارند و در این میان موقعیت جغرافیایی نقش مهمی را در این زمینه ایفا می کند . مسئله کمبود آب در ای ران به شکلی بحرانی، جدی و فراگیرشده اســت که نه تنها از حالت تخصصی خارج شده، بلکه از زبان طبقات مختلف مردم و مسئولان شنیده می شود و موردی است که اقتصاد پر ریسک، اجتماع، محیط زیست فراموش شده، کشاورزی و بسیاری از بخش ها را درگیر کرده استاین بخش ها با تصمیمات مدیریتی ضعیف در مورد آب، نقشه های ضعیف و سیاست گذاری های نادرست بدتر خواهد شد.
حکمرانی از دید صاحب نظران جایگاه های متعددی را در بر می گیرد. یکی از راهبردهای موثر در مبحث حکمرانی استفاده از آن در منابع آب است. حکمرانی آب به یک سری از سیستم های اجرایی، سیاسی، اجتماعی و اقتصادی گفته می شود که در جایگاه توسعه و مدیریت منابع آب و تحویل آب به سطوح مختلف جامعه هستند .یکی از مشکالت موجود درسیستم حکمرانی آب در ایران نگاه از نوع سلسه مراتبی و از بالا به پایین است، بنابراین نگاه دستوری و از بالا به پایین در تعامل با ذی نفعان در اجرای برنامه های مربوط به ایشان حاکم است.
همچنین ناکامی سیاست های گذشته مدیریت آب تحت فشارهای توسعه، موجب شده تا حرکتی اصلاحی برای بازنگری و آسیب شناسی رفتار گذشته، و یافتن راه هایی برای افزایش کارایی مدیریت آب کشور آغاز گردد. باور عمومی آن است که بحران موجود آب (بحران کمیابی آب) نتیجه حکمرانی نامناسب است.
امروزه، این گفتمان در سطح ملی بارز و مطرح است و حتی برخی از عناصر آن در اسناد و برنامه های رسمی کشور آمده و لذا بنظر می ِآید اراده سیاسی در سطح دولت برای دستیابی به حکمرانی خوب در حوزه مدیریت آب تا حدودی فراهم آمده است. اما پیاده سازی و استقرار یک مدیریت “جامع، مشارکتی و یکپارچه” در حوضه های آبی کشور، تحولی چالش دار و زمانبر است که بایستی باهمراهی گروداران (به ویژه آب بران) به انجام رسد. چنین اقدامی سترگ، نیازمند اجماع نسبی تمامی عوامل حکمرانی آب از حاکمیت تا گروداران – در راستای یک “چشم انداز مشارکتی”است که به جز با تفاهم جمعی حاصل نمی آید
در نهایت قابل تاکید است که حکمرانی آب با چالش هایی چون تغییرات اقتصادی، سیاسی و اجتماعی؛ مشارکت ذینفعان؛ حکمرانی به نفع فقرا، مدیریت یکپارچه منابع آب و غیره مواجه می باشد که میبایست با تاکید بر مؤلفه هایی همچون گشودگی و شفافیت؛ فراگیری و گویایی؛ انسجام و یکپارچگی؛ عدالت و اخلاق؛ شفافیت تبیین؛ کارآمدی؛ پاسخگویی و پایداری و با ابزارهای فنی، اقتصادی، اداری، قانونی، نهادی و مشارکتی از آن رمزگشایی گردد.